Kratochvílová se podílela na výzkumu liposomálních komplexů léčiv, který vedl k objevu nové vakcíny proti Lymeské borelióze. Objev byl v červnu 2014 představen veřejnosti v rámci tiskové konference za účasti předních tiskových agentur.
https://www.idnes.cz/technet/veda/vakcina-ockovani-proti-borelioze.A140617_155836_veda_mla
Tvůrci byli nominováni na cenu Česká hlava 2014 a 2018. Za projekt Rekombinantní vakcína proti lymeské borelióze získala I. Kratochvílová spolu s kolegy z Výzkumného ústavu veterinárního lékařství, Univerzity Palackého Olomouc, Ústavu Organické Chemie a Biochemie AV ČR a firmy Bioveta ocenění Nejlepší spolupráce roku 2014 a cenu TAČR 2015, Grantová agentuta ČR hodnotila projekt v r. 2013 jako vynikající. Unikátnost nové vakcíny proti lymeské borelióze spočívá ve způsobu konstrukce rekombinantních antigenů. Vědci z Fyzikálního ústavu AV ČR pod vedením doc. Ing. Ireny Kratochvílové, Ph.D. vypracovali model interakcí jednotlivých částí vakcinačního konstruktu, na jehož základě byl pak celý systém navržen a vytvořen a dále analyzovali vliv vybraných parametrů na jednotlivé části komplexu. Spojením úseků povrchových proteinů z různých kmenů borélií byly vytvořeny unikátní antigeny, které navodí účinnnou imunitní reakci organismu.
V roce 2020 byl Evropským patentovým úřadem udělěn patent EP 15727869.8: Vaccine for prevention of Lyme boreliosis (podano 2015).
