V získávání grantů a dotací na výzkum a vývoj patří FZU mezi nejúspěšnější ústavy AV ČR. Naši vědci se aktivně podílejí na řešení projektů financovaných jak národními tak i mezinárodními poskytovateli.
Ve čtyřech rámcových programech Evropské komise FZU AV ČR dosud získal 120 grantů: 22 (FP6), 25 (FP7), 34 (H2020) a 39 (HE). K internacionalizaci vědeckého prostředí FZU přispívá i nárůst počtu MSCA Postdoctoral Fellowships, kolaborativní projekty typu MSCA Doctoral Networks a Staff Exchanges, v neposlední řadě i projekty z programu WIDERA (Twinning, Teaming, ERA Chairs), ERC a EIC. FZU je držitelem prestižního MSCA COFUND grantu, Physics for Future (P4F), který byl navržen jako unikátní vzdělávací platforma spojující 71 mezinárodních akademických i průmyslových institucí. V průběhu projektu nastupuje do FZU 60 postdoktorandů ze zahraničních institucí.
Vědecko-výzkumný prostor FZU zásadně ovlivnily i dotace z Evropských strukturálních a investičních fondů. K 1. 5. 2026 vědci FZU řeší 16 projektů ESIF. Mezi ně patří nejen 6 významných projektů z výzvy Špičkový výzkum, ale i 27 fellowshipů řešených v rámci 4 projektů z výzvy MSCA CZ. Z ESIF byl v minulosti financován i největší projekt tohoto typu v ČR – Extreme Light Infrastructure (ELI) a zároveň bývalá stejnojmenná sekce FZU, která se v lednu 2023 stala samostatným právním subjektem a součástí evropské vědecko-výzkumné organizace The Extreme Light Infrastructure ERIC (ELI ERIC). Strategický záměr FZU posílit výzkum a konkurenceschopnost v oblasti fyziky pevných látek se naplnil v realizaci rozsáhlého projektu SOLID21. K udržení ocenění HR Excellence in Research Award, jež FZU získalo v roce 2019, přispěly dva projekty, HR AWARD a STIMUL. V roce 2025 FZU toto ocenění obhájilo.
FZU se úspěšně účastní i grantových soutěží národních poskytovatelů, jako jsou GA ČR, TA ČR, MPO, MŠMT a Akademie věd ČR. V roce 2026 vědci FZU řeší například 54 projektů GA ČR.