Vliv vodní vrstvy pokrývající molekulu proteinu na její zobrazení rentgenovým laserem s volnými elektrony

Pomocí pokročilých nástrojů počítačových simulací bylo modelováno zobrazování jednotlivých hydratovaných molekul Fe-nitrogenázy pokryté vodními vrstvami různé tloušťky. Byla zjištěna optimální tloušťka vodní vrstvy, při níž je efektivní rozlišení zobrazení hydratovaného proteinu výrazně vyšší než u nehydratovaného. Pokud je vodní vrstva příliš silná, rozlišení se opět zhoršuje. Tato zjištění lze zobecnit. Poslouží k plánování co nejefektivnějších zobrazování různých proteinů rtg. lasery s volnými elektrony.

Popis

Schematické znázornění typického experimentu využívajícího rtg. laseru s volnými elektrony ke zobrazování jednotlivých částic. Schéma typického experimentu zobrazování jednotlivých částic modelovaného na front-to-end simulační platformě. Rentgenové záření se šíří od zdroje ke vzorku optikou příslušné beamline, aby poté interagovalo s jednotlivými molekulami zájmové látky, zde proteinu. Prostorové rozložení záření rozptýleného při interakci je pak zachyceno zobrazovacím detektorem.

Kontaktní osoba: Ing. Libor Juha, CSc.

Spolupracující subjekt:

European XFEL, Schenefeld, Německo

Ústav jaderné fyziky Henryka Niewodniczańského Polské akademie věd

Center for Free-Electron Laser Science, DESY, Hamburk, Německo

The Hamburg Centre for Ultrafast Imaging, Univerzita v Hamburku, Německo

Max-Planck-Institut für Evolutionsbiologie, Plön, Německo

Institute of Plasma Physics, Prague, Czech Republic

Univerzita v Hamburku, Německo

La Trobe Institute for Molecular Science, Melbourne, Austrálie